Yli kahden kuukauden nälkälakon takia Ganji oli vapautuessaan hyvin heikko ja oli laihtunut yli 30 kiloa. Ganjin vaimo toivoi vapautumista seuraavana päivänä, että mies pysyisi poissa julkisuudesta, jotta häntä ei vangittaisi enää uudelleen.

Akbar Ganji pidätettiin ensimmäisen kerran huhtikuussa 2000 yhdessä 17 toimittajan ja yhteiskunnallisen vaikuttajan kanssa, koska he olivat osallistuneet Berliinissä järjestettyyn kulttuurikonferenssiin.

Hänet tuomittiin kymmeneksi vuodeksi vankeuteen ”yrityksestä uhata kansallista turvallisuutta” ja ”propagandasta islamilaista järjestelmää vastaan”. Vankeusrangaistus lyhennettiin puoleen vuoteen.

Ganji vangittiin jälleen kesällä 2001 ja hän sai kuuden vuoden vankeusrangaistuksen. Tuomion syyksi mainittiin ”luottamuksellisten asiakirjojen kerääminen” ja ”propagandan levittäminen”.

Syyteet liittyivät Akbar Ganjin vuonna 2000 kirjoittamiin lehtiartikkeleihin, joissa hän yhdisti vuonna 1998 tehdyt kirjailijoiden ja poliittisten vaikuttajien murhat Iranin entiseen presidenttiin Ali-Akbar Rafsanjaniin ja moniin valtion korkeisiin virkamiehiin.

Amnestyn pikavetoomusverkosto kirjoitti kirjeitä Akbar Ganjin puolesta neljään eri otteeseen.

Ganjin vapautumisen jälkeen Amnesty International sai sähköpostia hänen asianajajaltaan. Kirjeessä asianajaja kiitti Amnestyä ja kertoi Amnestyn toiminnan ja tuen mielipidevangeille olevan ratkaisevan tärkeää.