Vakaviin ihmisoikeusrikoksiin, kuten joukkotuhontaan tai kidutukseen syyllistyneet eivät usein saa rangaistusta teoistaan. Rankaisemattomuuden ansiosta tekijät voivat jatkaa rikoksiaan ilman kiinni jäämisen pelkoa. Uhrit puolestaan eivät saa oikeutta eivätkä korvauksia kärsimistään vahingoista, eikä totuus tapahtumista tule julki.

Rangaistus ihmisoikeusrikoksesta toimii sekä pelotteena että osoituksena siitä, ettei tekoja hyväksytä. Rikosten tutkinta myös palauttaa loukkausten uhrien ihmisarvon. Jättämällä ihmisoikeusrikokset tutkimatta valtiot antavat niille hiljaisen hyväksyntänsä. Amnesty tekee työtä sen puolesta että joukkotuhontarikokset, rikokset ihmisyyttä vastaan, sotarikokset, kidutusrikokset, tahdonvastaiset katoamiset ja laittomat teloitukset tutkitaan.

Amnesty vaatii, että ihmisoikeusrikokset tutkitaan puolueettomasti ja tehokkaasti. Epäillyn poliittinen, hallinnollinen tai sotilaallinen tausta ei saa olla esteenä tutkinnalle. Ihmisoikeusrikoksia voidaan tutkia ja viedä oikeuskäsittelyyn sekä omassa maassa että ulkomailla. Kansainvälinen rikosoikeus tarjoaa jo nyt keinot saattaa oikeuden eteen ihmiset, jotka ovat syyllistyneet kansainvälisiin rikoksiin, kuten rikoksiin ihmisyyttä vastaan tai sotarikoksiin. Valtioilla on oikeus ja velvollisuus tutkia näitä rikoksia ja nostaa niistä syytteitä riippumatta siitä, onko rikokset tehty niitä tutkivan valtion alueella tai onko tekijä tämän valtion kansalainen. Tätä periaatetta kutsutaan universaalitoimivallaksi.

Oikeutta voidaan käydä myös Kansainvälisessä rikostuomioistuimessa ICC:ssa, joka aloitti toimintansa vuonna 2002. Ihmisoikeuksien näkökulmasta tuomioistuimen perustaminen oli tärkeä läpimurto.
Amnesty työskentelee sen puolesta, että ihmisoikeusrikoksiin syyllistyneet olisi nykyistä helpompi saada oikeuden eteen joko omissa kotimaissaan, jossakin muussa maassa tai kansainvälisissä tuomioistuimissa. Konkreettisena tavoitteena on muun muassa, että Kansainvälisen rikostuomioistuimen perussääntö allekirjoitettaisiin ja ratifioitaisiin mahdollisimman monessa maassa. Tällä hetkellä mukana sopimuksessa on 115 maata.

Suomessa Amnesty pyrkii siihen, että Suomi toimii kansainvälisten velvollisuuksien mukaisesti, tueten kansainvälistä rikosoikeutta ja rankaisemattomuuden vastaisia toimia. Tarvittaessa Suomen on rikoslain säännösten mukaisesti tutkittava kansainvälisiä rikoksia ja nostaa niistä syytteitä, riippumatta siitä onko rikokset tehty Suomessa tai onko tekijä Suomen kansalainen. Siksi suomalaisille syyttäjä- ja poliisiviranomaisille sekä tuomioistuimille tulee järjestää tarvittavaa koulutusta, jotta kansainvälisiä rikoksia voitaisiin tutkia tehokkaasti ja kansainvälisten normiston mukaisesti.  

Hyvä esimerkki kansainvälisen rikosoikeuden toiminnasta Suomessa on ruandalaista Francois Bazarambaa vastaan käyty oikeudenkäynti, jossa hänet tuomittiin joukkotuhonnasta elinkautiseen vankeuteen. Asia on tällä hetkellä Helsingin hovioikeuden käsiteltävänä. Amnesty seuraa tapausta, sillä se on historiallinen tapaus Suomessa sekä merkittävä myös kansainvälisesti.