Vuoden 2001 syyskuussa tapahtuneiden vakavien terrori-iskujen jälkeen käynnistyi kansainvälinen "terrorismin vastainen sota", jossa käytetyt keinot ovat johtaneet vakaviin ihmisoikeusloukkauksiin ympäri maailmaa. Ihmisoikeuksia on loukattu ja kansalaisvapauksista tingitty "kansallisen turvallisuuden" nimissä. Monenlaisia sortotoimia on perusteltu terrorismin vastaisella taistelulla, eivätkä toiset valtiot ole puuttuneet näihin toimiin.

Kidutuksen kielto on yksi niistä ehdottomista ja perustavanlaatuisista ihmisoikeuksista, joita on loukattu terrorismin vastaisilla toimilla. Useista Yhdysvaltojen pidätyskeskuksista on saatu luotettavia tietoja vankien kidutuksesta. Näiden joukossa ovat Abu Ghraibin vankila Irakissa ja Guantánamo Bayn sotilastukikohta. Myös  Venäjällä, Kiinassa, Egyptissä, Britanniassa, Malesiassa ja Keniassa on  raportoitu tapahtuneen vakavia  ihmisoikeusloukkauksia, jotka on perusteltu ”terrorismin vastaisella sodalla”.

EU-maat ovat myös rikkoneet kansainvälisiä ihmisoikeussopimuksia osana ”terrorismin vastaista sotaa” ja syyllistyneet vakaviin ihmisoikeusloukkauksiin. Eniten huomiota näistä loukkauksista ovat saaneet Yhdysvaltain tiedustelupalvelun CIA:n vankilennot Euroopan kautta sekä mahdolliset salaiset vankilat Euroopassa. Suoraan tai epäsuorasti on syyllistytty kidutusta sekä pidätystä ja oikeudenmukaista oikeudenkäyntiä koskevien ihmisoikeuksien loukkauksiin.

”Terrorismin vastaisessa sodassa” pelataan usein salaisin pelisäännöin. Yhdysvaltain tiedustelupalvelu CIA on siirtänyt vangittuja tai siepattuja henkilöitä maasta toiseen ilman oikeusprosessia tai virallisia luovutuspyyntöjä. Näiden salaisten lentojen seurauksena ihmisiä on pidetty Yhdysvaltojen salaisissa pidätyskeskuksissa ilman, että he ovat voineet tukeutua minkäänlaiseen oikeusapuun tai edes ilmoittamaan sijainnistaan. Ihmisiä on myös luovutettu maihin, jossa heitä on kidutettu ja pahoinpidelty.